M2 Informatique - Cours de bioinformatique : analyse de séquences

Cette page concerne le cours d'option de bioinformatique : analyse de séquences, donné en Master d'Informatique, parcours CASAR.
Ce cours est ouvert aux étudiants de divers cursus : informatique, math-info, bioinformatique.
Tout le monde est le bienvenu.

Lieu et horaires 2011 : mardi matin, 9h-12h ou 8h30-11h30, Salle 31 du bâtiment 1 du Campus St Priest, rue St Priest à Montpellier.

Intervenants : Eric Rivals, Annie Chateau

1. Comparaison de séquences, Plus longue sous-séquence commune
   
2. Recherche d'un ensemble de mots dans un texte
   
3. Arbre des suffixes, algorithme de construction
   
4. Table des suffixes - Inférence de phylogénies à partir de matrices de distance
   

   
   

Vous trouverez une description de 4 sujets de recherches qui peuvent convenir pour des stages de M1 ou M2 en adaptant les axes développés et les objectifs du travail.
Ainsi qu'un lien vers un sujet de phylogénie (encadré par Fabio Pardi - numéro 5 - plus bas).

Page des sujets: http://www2.lirmm.fr/~rivals/M2R/SUJETS/

Liste des sujets:

1. Indexation compressée de texte pour séquences génomiques ou "Compressed text indexing data structures for genomic sequences".
   \\ In English http://www2.lirmm.fr/~rivals/M2R/SUJETS/Indexing-internship-Rivals.pdf
   
2. Combinatoire des autocorrelations et corrélations de mots finis.
   
3. Caractérisation et énumération des arbres de suffixes.
   
4. Quid du Quorum dans Qod ? ou Calcul d'Intervalles Communs Maximaux avec Quorum
   
5. L'inférence de phylogénies à partir de matrices de distance multiples - http://sites.google.com/site/fabiopardi/research/phd-thesis-subjects
   

   
   

   
   

• N. Philippe, M. Salson, T. Lecroq, M. Leonard, T. Commes and E. Rivals, Querying large read collections in main memory: a versatile data structure. BMC Bioinformatics, 12, p. 42, <doi:10.1186/1471-2105-12-242>, 2011. Sujet 1
  
• E. Rivals, S. Rahmann, Combinatorics of periods in strings. J. Comb. Theory A, 104, 95-113. (2003) http://www.lirmm.fr/~rivals/PUBLI/FILES/RivalsRahmannJCTA03.pdf Sujet 2
  
• Mémoire de M2 de Nicolas Philippe, université Rouen (2007). http://www2.lirmm.fr/~rivals/M2R/SUJETS/Philippe-rapport-M2R-07.pdf Sujet 3
  
• A. Mancheron, R. Uricaru, E. Rivals, An alternative approach to multiple genome comparison, Nucleic Acids Research (NAR) Vol. 39, No. 15, p. e101, <doi:10.1093/nar/gkr177>; 2011 Sujet 4
  
• M. Crochemore and W. Rytter, Jewels of Stringology, World Scientific, 2002, 310 pages.
  
• P. Ferragina, R. González, G. Navarro, R. Venturini: Compressed text indexes: From theory to practice. ACM J Experimental Algorithmics 13: (2008)
  
• M. Salson, T. Lecroq, M. Léonard and L. Mouchard. Dynamic extended suffix arrays. J Discrete Algorithms p. 241-257, 8(2) 2010.
  
• L.J. Guibas, A.M. Odlyzko, Periods in strings, J. Combin. Theory Ser. A 30 (1981) 19-42.
  
• L.J. Guibas, A.M. Odlyzko, String Overlaps, Pattern Matching, and Nontransitive Games, J. Combin. Theory Ser. A 30 (1981) 183-208.
  
• N.J. Fine, H.S. Wilf, Uniqueness theorems for periodic functions, Proc. Amer. Math. Soc. 16 (1965) 109-114.
  
• S. Rahmann, E. Rivals, The number of missing words in random texts, Combin. Probab. Comput. 12 (2003) 73-87. http://www.lirmm.fr/~rivals/PUBLI/FILES/RahmannRivalsCPC03.ps.gz
  
• JP Delahaye, Les surprises du jeu de pile ou face, Pour la Science, Nov. (2011) 146-151. http://www2.lifl.fr/~delahaye/pls/
  
• Encyclopedia of Integer Sequences, entries A005434 and A045690. http://oeis.org/A005434 et http://oeis.org/A152139
  
• http://en.wikipedia.org/wiki/Suffix_tree
  
• http://fr.wikipedia.org/wiki/Arbre_des_suffixes