Titre à préciser

Elke Schaper

Institute for Integrative Biology - ETH Zurich

Titre à préciser

Laurent Bréhelin

MAB - LIRMM

Malawimonas : une nouvelle branche dans l’arbre des eukaryotes ?

Romain Derelle

Centre for Genomic Regulation (CRG), Barcelona

Quantification par SHD des réarrangements V(D)J dans le suivi de la leucémie aigue lymphoblastique

Mikaël Salson

Laboratoire d’Informatique Fondamentale de Lille

http://www.lifl.fr/ salson/

Long Non Coding RNAs : Detailing the Devil

Cédric Notredame

Centro de Regulacio Genomica - Barcelona

Combinatorics of distance-based tree reconstruction

Fabio Pardi

LIRMM - MAB - Montpellier

https://sites.google.com/site/fabiopardi/

Multi-scale analysis of the mammalian replication programme - Relations to chromatin state and large scale chromatin folding

Benjamin Audit

Ecole Normale Supérieure de Lyon

http://perso.ens-lyon.fr/benjamin.audit/

Comparative genomics of circular chromosomes

Miguel M. Fonseca

Phylogenomics Lab, University of Vigo, Spain

A genome-wide analysis of common fragile sites : What features determine chromosomal instability in the human genome ?

Kateryna Makova

Center for Comparative Genomics and Bioinformatics Pennsylvania State University

http://www.bx.psu.edu/makova_lab/

Séminaire doctorant : l’inférence de phylogénies à partir de matrices de distances multiples.

Séminaire doctorant

Manuel Binet

MAB, LIRMM, Montpellier

Consistency-based detection of potential tumor-specific deletions in matched normal/tumor genomes

Cédric Chauve

Department of Mathematics, Simon Fraser University, Vancouver, Canada

http://www.cecm.sfu.ca/ cchauve/

The balanced minimum evolution problem

Daniele Catanzaro

Université Libre de Bruxelles

Inferring evolutionary models from next generation sequencing data

Carolin Kosiol

University of Veterinary Medicine in Vienna, Austria

http://i122server.vu-wien.ac.at/pop/Kosiol_website/kosiol_research.html

Séminaire bibliographie : le test multiple.

Yoan Soussan

MAB, LIRMM, Montpellier

Évolution du VIH : méthodes, modèles et algorithmes

Matthieu Jung

MAB, LIRMM, Montpellier

MowgliNNI : a gene tree/species tree reconciliation method accounting for gene tree uncertainty.

Nguyen Thi Hau

LIRMM-ISEM, University of Montpellier 2, France

When silence talks : Insights on natural selection from codon evolution

Maria ANASIMOVA

Computer Science department of ETH, Zurich.

http://www.inf.ethz.ch/personal/anmaria/

CRAC : A multi-purpose program to analyse large read collections with sensitivity and specificity

Eric Rivals

MAB, LIRMM, Montpellier

Correction of sequencing errors in short reads

Leena Salmela

University of Helsinki, Finland

http://www.cs.helsinki.fi/u/lmsalmel/

4000 "hypothetical" genes, now what ? Functional validation of novel Apicomplexa proteins

Olivier Lucas

Department of Molecular Medicine, Florida Center for Drug Discovery and Innovation, University of South Florida

Using structural information to align and cluster protein sequences

Cedric Notredame

Centro de Regulacio Genomica - Barcelona

http://www.tcoffee.org/homepage.html

Computational methods for transcriptional regulation and functional genomics

David Martin

Center for Genomic Regulation (CRG), Barcelone

http://big.crg.cat/people/david_martin

Protein Tandem Repeats - Detection, Classification and Evolution

Elke Schaper

Institute of Computational Science, ETH Zurich, Switzerland

The Gapped Consecutive-Ones Property and the Reconstruction of Ancestral Gene Orders

Murray Patterson

University of British Columbia, Canada

Systematic analysis of large-scale networks : Investigating biological functions to link genotype and phenotype

Magali Michaut

Donnelly CCBR, University of Toronto, Ontario, Canada

http://baderlab.org/MagaliMichaut

Protein structure surprises and what they may teach us about biology

Bart Hazes

Dept. of Medical Microbiology & Immunology

University of Alberta, Canada

http://www.mmi.med.ualberta.ca/staff_students/bart_hazes.php

Systems Biology of HIV infection

Charles Lecellier

Institut de Genetique Moleculaire de Montpellier

http://www.igmm.cnrs.fr

From genes to shape in a simple embryo : experimental and computational approaches

Patrick Lemaire

CRBM, Montpellier

http://www.aniseed.cnrs.fr/ciona/lemaire/

Recent advances in ABC (Approximate Bayesian Computation) methodology

Jean-Michel Marin

Institut de Mathématiques et Modélisation de Montpellier

http://www.math.univ-montp2.fr/ marin/

Ancestral HMMs and their use to detect distant homologs

Jean-Baka Domelevo-Entfellner

LIRMM, Montpellier

Modèles de réconciliation d’un arbre de gènes et d’un arbre d’espèces

Jean-Philippe Doyon

Institut des Sciences de l’Evolution, Montpellier

http://www.lirmm.fr/ doyon/

Le problème de distance geometry et applications aux protéines

Antonio Mucherino

Centre Européen de Recherche et de Formation Avancée en Calcul Scientifique, Toulouse

Catching networks with the LASSO

Klaus Schliep

Muséum National d’Histoire Naturelle

Université Pierre et Marie Curie, Paris

Bioinformatics off-road

Hamid Reza Shahbazki

Faculdade de Ciências e Tecnologia

Universidade do Algarve, Portugal

Ancestral genome reconstruction and its uses toward annotating the human genome

Mathieu Blanchette

Université McGill, Montréal

http://www.mcb.mcgill.ca/ blanchem/

Dealing with unknowns in (Crop)-Bioinformatics

Michael Defoin-Platel

Centre for Mathematical and Computational Biology

Rothamsted Research, UK

Computer Science Logic for Structure Prediction, String Comparison, and Model Coupling

Elisabetta De Maria

INRIA Paris-Rocquencourt

http://contraintes.inria.fr/ demaria/

HMMs basés sur la phylogénie pour la modélisation d’homologues distants

Jean-Baka Domelevo Entfellner

LIRMM

Phylogenetic approach reveals that virus genotype largely determines HIV set-point viral load

Samuel Alizon

Équipe Evolution Théorique et Expérimentale

Laboratoire MIVEGEC, IRD, Montpellier

Génotypage et séquençage haut-débit des gènes du CMH chez des organismes non-modèles : application aux rongeurs sauvages

Maxime Galan

CBGP - INRA Montpellier

http://www1.montpellier.inra.fr/CBGP/

Calcul des intervalles communs approchés de deux séquences ou plus

Pierre Riou

LIRMM, Montpellier

pierre.riou@lirmm.fr

Phylogénie moléculaires et barcoding ; Histoire de gènes et histoires d’espèces

Alain Franc

UMR BioGeCo, INRA, Bordeaux

http://www.pierroton.inra.fr/biogeco/genetique/personnel/Franc/franc.html

Non-coding sequences in eukaryote genomes

Sébastien Tempel

Genetic Information Research Institute, Mountain View, CA, USA

sebastien.tempel@gmail.com

Discovering molecular mechanisms from sRNA-seq data analysis : a new step in transcriptome exploration

Sylvain Foissac

Integromics, S.L. - R&D, Madrid, Spain

http://www.mendeley.com/profiles/sylvain-foissac/

Identification de motifs régulateurs dans les séquences d’acides nucléiques

Mathieu Lajoie

LIRMM, Montpellier

Vers un nouvel Oracle : l’Oracle à transitions gardées

Alban Mancheron

LIRMM, Montpellier

Space of Gene/Species Trees Reconciliations and Probabilistic Models

Space of Gene/Species Trees Reconciliations and Probabilistic Models

Jean-Philippe Doyon

DIRO, Université de Montréal, Canada

LIRMM, Montpellier

SNP detection and genotyping from low coverage sequencing data on multiple diploid samples

SNP detection and genotyping from low coverage sequencing data on multiple diploid samples

Quang Le

Wellcome Trust Sanger Institute, Cambridge

http://www.sanger.ac.uk/Users/lsq/

Selecting maximally diverse sets of taxa from a phylogenetic tree

Selecting maximally diverse sets of taxa from a phylogenetic tree

Fabio Pardi

LIRMM, Montpellier

http://sites.google.com/site/fabiopardi/

Phylotyping HIV, a new view on HIV molecular epidemiology and classification

Phylotyping HIV, a new view on HIV molecular epidemiology and classification

Tulio de Oliveira

Africa Centre for Health and Population Studies, Durban, South Africa

tulio@bioafrica.net

http://www.bioafrica.net

Inferring the Evolutionary History of Gene Clusters from Phylogenetic and Gene Order Data

Inferring the Evolutionary History of Gene Clusters from Phylogenetic and Gene Order Data

Mathieu Lajoie

LBIT, DIRO, Université de Montréal, Canada

LIRMM, Montpellier

http://www.iro.umontreal.ca/ lajoimat/

From genome to phylome : what can we learn from genome-wide collections of trees ?

From genome to phylome : what can we learn from genome-wide collections of trees ?

Toni Gabaldon

CRG-Centre for Genomic Regulation, Barcelona, Spain

http://www.crg.es/comparative_genomics

Modular Evolution of Genes and Proteins

Modular Evolution of Genes and Proteins

Erich Bornberg-Bauer

Institute for Evolution and Biodiversity, University of Muenster, Germany

ieb.uni-muenster.de/eb

Evolution des systèmes peptidergiques de vertébrés

Evolution des systèmes peptidergiques de vertébrés

Olivier Mirabeau

DEPSN : Développement, Evolution, Plasticité du Système Nerveux, CNRS, Gif-sur-Yvette

olivier.mirabeau@gmail.com

Eliciting information from protein sequences : a lesson from linear motif conservation

Eliciting information from protein sequences : a lesson from linear motif conservation

Claudia Chica

Structural and Computational Biology Unit - EMBL, Heidelberg, Germany

http://www.embl.de/research/units/scb/gibson/members/index.php

From Structure of Proteins with Tandem Repeats to Medical Applications

From Structure of Proteins with Tandem Repeats to Medical Applications

Andrey Kajava

Centre de Recherches de Biochimie Macromoléculaire, Montpellier

http://www.crbm.cnrs.fr/ kajava/kajava.html

Distill beyond the Twilight Zone : prediction of structural properties of proteins based on remote homology information

Distill beyond the Twilight Zone : prediction of structural properties of proteins based on remote homology information

Gianluca Pollastri

School of Computer Science and Informatics, University College Dublin, Ireland

http://www.csi.ucd.ie/users/gianluca-pollastri

Models of gene expression regulation and its evolution in bacteria

Models of gene expression regulation and its evolution in bacteria

Vassily Lyubetsky

Institute for information transmission problems, Russian Academy of Sciences, Moscow

lyubetsk@iitp.ru

sparsePLS : sélection de variables et intégration de données ’omiques’

sparsePLS : sélection de variables et intégration de données ’omiques’

Kim-Anh Lê Cao

Institute for Molecular Bioscience, University of Queensland, Australia

http://www.math.univ-toulouse.fr/ lecao/

Improved sensitivity and reliability of anchor based genome alignment

Improved sensitivity and reliability of anchor based genome alignment

Raluca Uricaru

LIRMM, équipe MAB

http://www.lirmm.fr/ uricaru/

Estimation of sequence errors and capacity of genomic annotation in transcriptomic and DNA-protein interaction assays based on next generation sequencers

Estimation of sequence errors and capacity of genomic annotation in transcriptomic and DNA-protein interaction assays based on next generation sequencers

Nicolas Philippe

LIRMM - Équipe MAB

nphilippe@lirmm.fr

Impact of coding microsatellites on genes robustness

Impact of coding microsatellites on genes robustness

Etienne Loire

Atelier de Bioinformatique, Université Paris 6

loire@closun.snv.jussieu.fr

Modélisation et analyse qualitatives de réseaux de régulation contrôlant la différenciation cellulaire

Modélisation et analyse qualitatives de réseaux de régulation contrôlant la différenciation cellulaire

Claudine Chaouiya

Instituto Gulbenkian de Ciência, Oeiras, Portugal Technologies Avancées pour le Génome et la Clinique - INSERM U928, Luminy, Marseille, France

chaouiya@igc.gulbenkian.pt

The construction of amino acid substitution matrices for the comparison of proteins with non-standard compositions

Présentation de l’article "The construction of amino acid substitution matrices for the comparison of proteins with non-standard compositions" de Yu et Altschul

Jean-Baka Domelevo-Entfellner

LIRMM, Équipe MAB

Phylogeny-Aware Gap Placement Prevents Errors in Sequence Alignment and Evolutionary Analysis

Présentation de l’article "Phylogeny-Aware Gap Placement Prevents Errors in Sequence Alignment and Evolutionary Analysis" de Ari Löytynoja et Nick Goldman

Jean-Baka Domelevo-Entfellner

LIRMM, Équipe MAB

Mise à jour de structures d’indexation

Mise à jour de structures d’indexation

Mikaël Salson

Université de Rouen, LITIS EA 4108, 76821 Mont-Saint-Aignan, France

Genome Wide Analysis of the transcriptome by second generation sequencing

Genome Wide Analysis of the transcriptome by second generation sequencing

Hugues Richard

Max-Planck-Institut für Molekulare Genetik

http://www.molgen.mpg.de/ richard/

Analyse de données transcriptome et protéome pour l’étude des réponses aux stress oxydants et aux métaux lourds

Analyse de données transcriptome et protéome pour l’étude des réponses aux stress oxydants et aux métaux lourds

Magali Michaut

iBiTec-S / SBIGeM / LBI

CEA Saclay

magali.michaut.cea@gmail.com

Apprentissage d’un système semi-automatique d’annotation fonctionnelle de protéines. Application aux génomes Lactobacillus Bulgaricus et Lactobacillus Sakei

Apprentissage d’un système semi-automatique d’annotation fonctionnelle de protéines. Application aux génomes Lactobacillus Bulgaricus et Lactobacillus Sakei

Jerôme Azé

LRI - Équipe BioInfo

Université Paris-Sud 11, Orsay

http://www.lri.fr/ aze

PhySIC IST : cleaning source trees to infer more informative supertrees

PhySIC IST : cleaning source trees to infer more informative supertrees

Céline Scornavacca

LIRMM - Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique ISEM - Équipe PPP

Celine.Scornavacca@lirmm.fr

Calcul exact des temps de coalescence en population structurée pour deux lignées

Calcul exact des temps de coalescence en population structurée pour deux lignées

Alain Franc UMR BioGeCo, INRA, Bordeaux

http://www.pierroton.inra.fr/biogeco/genetique/personnel/Franc/franc.html

HIV-1 and HCV Molecular Epidemiology of a Libyan outbreak

HIV-1 and HCV Molecular Epidemiology of a Libyan outbreak

Tulio de Oliveira

tulio(at)sanbi.ac.za

Parallel adaptations to high temperatures in the Archean eon

Parallel adaptations to high temperatures in the Archean eon

Samuel Blanquart

Samuel.Blanquart@lirmm.fr

Systems Biology : modélisation des réseaux d’interaction entre voie de signalisations pour l’étude de la régulation du métabolisme azoté chez les plantes

Systems Biology : modélisation des réseaux d’interaction entre voie de signalisations pour l’étude de la régulation du métabolisme azoté chez les plantes

Laurence Lejay

lejay@supagro.inra.fr

Modélisation des réseaux de régulation génétiques : théorie des jeux et méthodes formelles

Modélisation des réseaux de régulation génétiques : théorie des jeux et méthodes formelles

Matthieu MANCENY

matthieu.manceny@epigenomique.genopole.fr

Fouille de données biologiques de grande dimension

Fouille de données biologiques de grande dimension

Sylvain LESPINATS

http://sy.lespi.free.fr/recherche/indexFR.html

Méthodes de classification et d’identification de séquences génomiques

Méthodes de classification et d’identification de séquences génomiques

Anne-Muriel Arigon

anne-muriel.arigon@chirouble.univ-lyon2.fr

Apprentissage de réseaux de régulation génétique à partir de données d’expression

Apprentissage de réseaux de régulation génétique à partir de données d’expression

Mohamed Elati

mohamed.elati@curie.fr

Accélération de l’inférence de répétitions multiples

Accélération de l’inférence de répétitions multiples

Pierre Peterlongo

IRISA - INRIA Rennes

pierre.peterlongo@irisa.fr

Algorithme d’extraction de motifs basé sur des fonctions de score distribuées normalement : StatiSTARS

Algorithme d’extraction de motifs basé sur des fonctions de score distribuées normalement : StatiSTARS

Alban Mancheron

INRIA Lille Nord Europe, Équipe Bioinfo du LIFL

alban.mancheron@lifl.fr

The ENCODE project and its extension : what’s new in the human genome ?

The ENCODE project and its extension : what’s new in the human genome ?

Sylvain Foissac

Centre de Régulation Génomique (CRG), Roderic Guigo’s team, Barcelone, Espagne

sylvain.foissac@crg.es

http://genome.imim.es/ sfoissac/

La programmation par contraintes pour rechercher des gènes d’ARN

La programmation par contraintes pour rechercher des gènes d’ARN

Matthias Zytnicki

INRA Toulouse

Matthias.Zytnicki-at-toulouse.inra.fr

http://mia.toulouse.inra.fr/index.php ?id=225

Reconstruction phylogénétique par analyse Bayésienne des séquences moléculaires

Reconstruction phylogénétique par analyse Bayésienne des séquences moléculaires

Samuel Blanquart

Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique, LIRMM, Montpellier FRANCE

Samuel.Blanquart@lirmm.fr

Des minisatellites et des souris : l’analyse de séquences répétées pour comprendre l’évolution d’une espèce

Des minisatellites et des souris : l’analyse de séquences répétées pour comprendre l’évolution d’une espèce

Eric Rivals

Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique, LIRMM, Montpellier FRANCE

rivals@lirmm.fr

abstract

Bayesian estimation of mammalian divergence times using genomic data and fossil calibrations.

Bayesian estimation of mammalian divergence times using genomic and fossil calibrations.

Richard Desper

Yang’s group, London, UK

rick_desper@yahoo.com

Analyse d’arbres phylogénétiques, réconciliation et recherches de motifs d’arbres

Analyse d’arbres phylogénétiques, réconciliation et recherches de motifs d’arbres

Jean-François Dufayard

Projet MAB

LIRMM

Montpellier

Introduction to Approximate Bayesian Computation : Bayesian inference for complex models

Introduction to Approximate Bayesian Computation : Bayesian inference for complex models

David Welch

équipe de David Balding

Imperial College, Londres

Approximate Bayesian Computation. Cette approche est utilisée en génétique des populations pour estimer les distributions a posteriori de paramètres de modèles trop complexes pour que leurs vraisemblances soient calculées de manière efficace.

Arbre des suffixes et auto-corrélation

Arbre des suffixes et auto-corrélation

Julien Fayolle

Laboratoire de Recherche en Informatique

Univ. Orsay - Paris Sud

contact : mel

Pattern Markov Chain pour l’étude des occurrences de motifs dans les séquences markoviennes

Pattern Markov Chain pour l’étude des occurrences de motifs dans les séquences markoviennes

Grégory Nuel

Laboratoire de Statistique et Génome

CNRS (8071), INRA (1152), Univ Evry

mail : mèl

http://stat.genopole.cnrs.fr/ gnuel/

Multipolar consensus for phylogenetic trees (MPC)

Multipolar consensus for phylogenetic trees (MPC)

Cécile Bonnard

Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique LIRMM

Cecile.Bonnard@lirmm.fr

Resolving Species Trees from Gene Trees and other applications of the Coalescent

Jeudi 7 décembre 2006 à 14h - LIRMM - Salle de séminaires

Gregory Ewing

Max Perutz Laboratories

Vienne - Autriche

Modelling Changes in Evolutionary Processes

Lundi 18 décembre à 14h - LIRMM - Salle de séminaires

Allen Rodrigo

Prof. Univ. Auckland

Invited Professor at LIRMM in 2006-07

Mèl : a.rodrigo@auckland.ac.nz

Modeling protein evolution with Markovian processes of substitution heterogeneous both across sites and along lineages.

Lundi 27 novembre à 14h - LIRMM - Salle E 3.23

Samuel Blanquart

Projet MAB LIRMM Montpellier

Mèl : Samuel.Blanquart@lirmm.fr

Parallelism for Ciliates Gene Assembly

Lundi 20 novembre à 14h - LIRMM - Salle de séminaires

Chang Li

Computational Biomodelling Laboratory,

Department of Computer Science, Åbo Akademi University,

Turku Center for Computer Science, Turku, Finland

email : lchang@abo.fi

Web

Les paires non-Watson-Crick, les motifs et les réseaux d’ARN

Mercredi 15 novembre à 10h - LIRMM - Salle de séminaires

Eric Westhof

Architecture et Réactivité de l’ARN,

Université Louis Pasteur

Institut de Biologie moléculaire et cellulaire, CNRS,

15 rue Descartes, 67084 Strasbourg.

Solving data problems in biomedical research

Lundi 13 novembre à 14h - LIRMM - Salle de séminaires

Solving data problems in biomedical research

Ela Hunt

GlobIS, ETH Zurich

elahunt@inf.ethz.ch

Page oueb

résumé séminaire E. Hunt

Néandertal et nos ancêtres

Lundi 6 novembre à 14h -

Séminaire bioinformatique du LIRMM

localisation : Amphi Campus St Priest, au CNIAM, 860 rue Saint Priest, Montpellier.

Néandertal et nos ancêtres

Neanderthals and our ancestors

Michael Blum

Department of Human Genetics

Bioinformatics Program, University of Michigan

Ann Arbor, MI 48109-2218 USA

michblum@umich.edu

Page oueb

From Genomics to Metagenomics

From Genomics to Metagenomics

Prof. Daniel Huson

Center for Bioinformatics, Tübingen University

huson@informatik.uni-tuebingen.de

A Melange of Mathematical Methods for Modelling MEPs

Lundi 16 octobre à 14h - LIRMM - Salle de séminaires

A Melange of Mathematical Methods for Modelling MEPs

Allen Rodrigo Prof. Univ. Auckland Invited Prof. at LIRMM in 2006-07

Comparing Tandem Repeats with Duplications and Excisions of Variable Degree

Jeudi 12 octobre à 14h - LIRMM - Salle E3.23

Michael Sammeth

Center for Genomic Regulation,

Barcelona, Catalonia/Spain

micha@sammeth.net

web

Nouvel algorithme et serveur de comparaison de structures secondaires d’ARN

Lundi 25 septembre 2006 à 14h - LIRMM - Salle E 3.23

Nouvel algorithme et serveur de comparaison de structures secondaires d’ARN

New Algorithm And Server For RNA Secondary Structure Comparison

Valentin Guignon LIRMM - équipe MAB

The Computational Evolutionary Biology of HIV-1

Lundi 18 septembre à 14h - LIRMM - Salle de séminaires

The Computational Evolutionary Biology of HIV-1

Allen Rodrigo Prof. Univ. Auckland Invited Prof. at LIRMM in 2006-07

résumé séminaire Rodrigo

Microsatellite detection within genomes : An insoluble problem ?

Lundi 17 juillet à 14h - LIRMM - salle E 324

Microsatellite detection within genomes : An insoluble problem ?

Sébastien Leclercq CEFE - CNRS Université de Montpellier II

résumé séminaire

Découverte de motifs relationnels en bioinformatique : application à la prédiction des ponts disulfures.

Lundi 24 avril à 14h - LIRMM - Salle de séminaires (2.57)

Découverte de motifs relationnels en bioinformatique : application à la prédiction des ponts disulfures.

Ingrid JACQUEMIN

ATER équipe Grappa

Université de Lille 3 et Symbiose - Irisa Rennes

web

Comparaison de structures secondaires d’ARN

Lundi 10 avril à 14h - LIRMM - Salle E 3.24

Comparaison de structures secondaires d’ARN

Julien Allali

Institut Gaspard Monge

Université de Marne La Vallée

Séminaire MAB de Oriane Matte-Tailliez

Oriane Matte-Tailliez

Lab de Recherche en Informatique (LRI) Univ. d’Orsay

Reporté à une date ultérieure

à 14h - LIRMM - salle E 3.24 (3eme étage)

Titre et résumé à venir

Apprentissage statistique et puces à ADN

Apprentissage statistique et puces à ADN

Christophe Ambroise

Université Technologique de Compiègne

web

Lundi 27 mars - LIRMM - Salle de séminaires (2.57)

Recherche de similarités dans les séquences génomiques, modèles et algorithmes pour la conception de graines efficaces.

Recherche de similarités dans les séquences génomiques, modèles et algorithmes pour la conception de graines efficaces.

Laurent Noé, ATER LIFL, Lille

page oueb

résumé conférence

Gènes responsables de la différenciation des mérozoites chez Plasmodium falciparum.

Gènes responsables de la différenciation des mérozoites chez Plasmodium falciparum.

Dr. Isabelle Florent

USM 0504 "Biologie Fonctionnelle des Protozoaires" Muséum National d’Histoire Naturelle, Paris

Email : florent@mnhn.fr

Résumé séminaire I. Florent

Combinatoire et Bio-informatique : Comparaison de structures d’ARN et calcul de distances intergnomiques

Combinatoire et Bio-informatique : Comparaison de structures d’ARN et calcul de distances intergénomiques

Guillaume Blin

Institut Gaspard-Monge, Laboratoire d’informatique, Université de Marne-la-Valle

Résumé séminaire G. Blin

Des robots pour penser les origines du langage

Des robots pour penser les origines du langage

Pierre-Yves Oudeyer

Sony Computer Science Laboratory, Paris. Site Web

Résumé séminaire P.-Y. Oudeyer

Réseau de flots multicouches hybrides, application au suivi de pics enRéseau de flots multicouches hybrides, application au suivi de pics en RMN multidimensionnelle

Réseau de flots multicouches hybrides, application au suivi de pics en RMN multidimensionnelle

Patrice Ravel*, Guilhem Kister**, Marc André Delsuc* * Centre de Biochimie Structurale, UMR CNRS 5048 ** Laboratoire de physique industrielle, Montpellier I

MOSAIC : An online database for systematic determination of the mosaic

H. Chiapello et M. El Karoui.

INRA Jouy en Josas.

Cf résumé JOBIM 2005.

La phylogénomique : un nouvel outil au service de la systématique

Alexis Criscuolo.

LIRMM, équipe MAB.

Evolution de protéines : simulations et contrôle

Thomas Simonson.

Dépt de Biologie, Ecole Polytechnique.

Résumé

La face végétale de Plasmodium falciparum, une cible pour lutter contre le paludisme ?

Eric Maréchal, Olivier Bastien (CEA - Direction des sciences du vivant)

Résumé

Nouveaux modèles et algorithmes pour l’évolution : tranferts, réseaux, réarrangements

Constructing phylogenetic networks

Vincent Moulton.

University of East Anglia.

Abstract

Maximizing synteny blocks to identify ancestral homologs

Nadia El-Mabrouk.

Université de Montréal.

Abstract

Conservation of the combinatorial structure in genome rearrangement scenarios

Cédric Chauve.

Université du Québec à Montréal.

Abstract

Décomposition structurelle des intervalles communs

Binh Minh Bui Xuan.

Computing the minimum number of hybridisation events for a consistent

Charles Semple.

Département de Mathématiques et Statistiques de l’université de Canterbury (Christchurch, Nouvelle Zéland).

Apprentissage connexionniste basé sur l’alignement structural et la classification automatique pour la reconnaissance des repliements de protéines

Khalid Benabdeslem.

Institut de Biologie et Chimie des Protéines (Pôle Bioinformatique Lyonnais Gerland).

Résumé

Bioinformatique : concepts, résultats et enjeux

Eric Rivals.

CR CNRS, LIRMM.

Résumé

Extraction d’itemsets (fermés) sous contraintes en utilisant la transposition

B. Jeudy.

EURISE, Université de St-Etienne.

Résumé

Réarrangements et Segments Conservés

E. Tannier.

INRIA, Lyon.

Résumé

Table Ronde "Supermatrices de caratères, superarbres et Données Manquantes en Phylogénie Moléculaire"

Combinaison phylogénétique de données taxonomiques et génomiques partiellement chevauchantes

E. Douzery.

ISEM, Université Montpellier 2.

Les superarbres des rongeurs et des primates

P.-H. Fabre.

ISEM, Université Montpellier 2.

Une comparaison rapide supermatrices/superarbres sur des données réelles

N. Lartillot.

Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique, LIRMM.

L’utilisation de la méthode SDM dans les différents types de combinaison de gènes

A. Criscuolo.

ISEM, Université Montpellier 2. Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique, LIRMM.

Analyse d’une supermatrice des mammifères cétarciodactyles

F. Thomarat.

ISEM, Université Montpellier 2.

Méthodes de consensus par suppression de taxons

V. Berry et F. Nicolas.

Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique, LIRMM.

Développements récents de l’éditeur d’arbres TREEDYN

F. Chevenet.

IRD, Montpellier.

Outils et développements récents dans APE pour la visualisation de grands arbres phylogénétiques

E. Paradis.

ISEM, Université Montpellier 2.

Using Bayesian networks to analyze expression data

N. Lartillot.

Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique, LIRMM.

Résumé

Conservation de structure combinatoire dans les scénarios

Anne Bergeron.

(UQÀM, Montréal).

Résumé

Les réseaux biologiques

Le réseau métabolique mitochondrial : aspects théoriques, expérimentaux et pathologiques.

Jean-Pierre Mazat.

(Université de Bordeaux 2).

Résumé

Modélisation et simulation de réseaux de régulation génique.

Hidde de Jong.

(INRIA Rhone-Alpes).

Résumé

Séminaire Bioinformatique de la Génopole

Séquences répétées chez Arabidopsis

E. Rivals.

Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique, LIRMM.

Detecting autocatalytic, self-sustaining sets in chemical reaction systems

W. Hordijk.

Post-doc, LIRMM.

Abstract

Algorithmes de comparaison de structures d’ARN

H. Touzet.

Laboratoire d’Informatique Fondamentale de Lille.

Résumé

Réunion ALPHY

Analyse des données protéomiques

O. Martin.

Unité de Protéomique, INRA/LIRMM.

Résumé

Conservation de structures combinatoires dans les scénarios de réarrangements génomiques

S. Bérard.

LIRMM, IML, IQAM.

Visualisation d’information : dessin, indices structuraux et navigation. Applications aux réseaux biologiques et aux réseaux sociaux

Soutenance de thèse de Fabien Jourdan.

Doctorant LIRMM.

Résumé

Problème de la prédiction des paires de cystéines intervenant dans un pont disulfure

L. Bréhélin.

Biochimie & Physiologie Moléculaire des Plantes, LIRMM.

Résumé

Duplication de gènes

"Duplication des gènes : impact sur l’évolution biologique des espèces et pour l’annotation fonctionnelle des génomes"

P. Pontarotti.

Laboratoire de phylogénomique, Evolution Génome Environnement, Université de Provence - Marseille.

http://www.up.univ-mrs.fr/evol/phylogenomics-lab/

Résumé

"Some principles of Network Evolution : The roles of single gene duplication, large scale duplications, homodimerisation and domain rearrangements in the evolution of transcription factor interaction networks"

E. Bornberg-Bauer.

Bioinformatics Division, Institute of Botany, School of Biology, University of Muenster, Germany.

http://www.uni-muenster.de/Biologie.Botanik/ebb/

Résumé

Séminaire Bioinformatique de la Génopole.

Recherche de nouveaux peptides hormones endogènes et stratégies pour leurs caractérisations fonctionnelles

O. Mirabeau.

PhD EMBL Montérotondo (Italie), Doctorant LIRMM.

Résumé

Séminaire Bioinformatique de la Génopole.

Chaines de Markov Monte-Carlo en génétique

Z. Yang.

Department of Biology, University College London.

http://abacus.gene.ucl.ac.uk/ziheng/ziheng.html

Séminaire Bioinformatique de la Génopole.

Inference of Darwinian selection in protein-coding genes

Z. Yang.

Department of Biology, University College London.

Résumé

Séminaires de biologie évolutive.

Propagation of aneuploidy signal throughout a simulated cell population

R. Desper.

(NCBI).

Abstract

Séminaire Bioinformatique de la Génopole.

Origine et évolution génomique des microsporidies : analyse phylogénétique de la séquence complète du génome d’Encephalitozoon cuniculi

F. Thomarat.

ISE-M/LIRMM.

Résumé

Séminaire Bioinformatique de la Génopole.

Study of the transcriptome of prematurely aging yeast cells using malako, a new system allowing comparative DNA microarray analysis

I. Lesur.

Doctorante Labri - Universite Bordeaux I.

Abstract

Séminaire Bioinformatique de la Génopole.

Superarbres, supermatrices de caractères, et impact des données manquantes sur les phylogénies et datations moléculaires

E. Douzery.

Phylogénie moléculaire ISEM, Mtp2.

Résumé

Groupe de travail "Phylogénie".

Une approche bayésienne pour la classification de cinétiques d’expression de gènes

L. Bréhélin.

Biochimie & Physiologie Moléculaire des Plantes, LIRMM.

Résumé

Groupe de travail "Données d’expression de gènes".

Génétique évolutive et des population

"Des mutateurs chez les bactéries : contribution des théoriciens à l’émergence d’un concept nouveau"

B. Godelle.

Université Montpellier 2

Résumé

"Modélisation de la diversité moléculaire de population en fonction de l’hétérogénéité de l’environnement"

L. Excoffier.

Université de Berne.

Résumé

Séminaire Bioinformatique de la Génopole.

Les protéines MHC-like : phylogénie, structure, fonctions

E. Duprat.

IGH (IMGT)-LIRMM.

Résumé

Groupe de travail "Phylogénie".

Table ronde "Supermatrices de caractères, superarbres & données manquantes en phylogénie moléculaire"

"Des p’tits trous, des p’tits trous, toujours des p’tits trous - Phylogénomique des Eucaryotes et l’impact des données manquantes sur les grands alignements"

H. Philippe.

Université de Montréal.

Résumé

"Méthodes de superarbre d’accord maximum"

V. Berry.

Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique, LIRMM.

"Reconstruction de superarbres par combinaison de plusieurs matrices de distance sources : une nouvelle méthode"

A. Criscuolo.

Doctorant ISEM / LIRMM.

"TreeDyn : graphisme dynamique et gestion des arbres phylogénétiques"

F. Chevenet.

IRD, Montpellier.

"Le logiciel APE, les superarbres, et les analyses de diversification"

E. Paradis.

ISEM, Université Montpellier 2.

"Supermatrices de caractères, données manquantes et datations moléculaires"

E. Douzery.

ISEM, Université Montpellier 2.

Groupe de travail "Phylogénie".

Le contenu d’information et la complexité des séquences d’ADN

G. Menconi.

Dept de Mathematique Appliquée, Universite de Pise, Italie.

Résumé

Séminaire Bioinformatique de la Génopole.

Modéliser l’hétérogénéité entre sites par des méthodes non paramétriques bayésiennes

N. Lartillot.

Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique, LIRMM-CNRS.

Résumé

Groupe de travail "Phylogénie".

Phylogénomique et inconsistance des méthodes de reconstruction d’arbres

F. Delsuc.

Equipe Paléontologie, Phylogénie et Paléobiologie ISEM, Université Montpellier 2.

Résumé

Groupe de travail "Phylogénie".

APE : un environnement pour l’analyse des données phylogénétiques avec le langage R

E. Paradis.

Phylogénie moléculaire ISEM, Mtp2.

Groupe de travail "Phylogénie".

Analyse statistique des données de puces à ADN

"Planification des expériences de biopuce"

M.L. Martin-Magniette.

URGV, INRA-CNRS, Evry.

"Une approche statistique pour l’analyse des puces CGH"

F. Picard.

Statistique et Génome, INAPG, Paris.

Séminaire Bioinformatique de la Génopole

Classification supervisée et détection d’outliers

L. Bréhélin.

Biochimie & Physiologie Moléculaire des Plantes, LIRMM.

Groupe de travail "Données d’expression de gènes".

Theoretical Foundation of the Balanced Minimum Evolution Method of Phylogenetic Inference and its Relationship to Weighted Least-squares Tree Fitting

O. Gascuel.

Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique, LIRMM.

Abstract

Groupe de travail "Phylogénie".

Parcimonie et coût des arches

O. Gascuel.

Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique, LIRMM.

Groupe de travail "Algorithmes et séquences".

Indexation de textes et découverte de motifs

Complexité et approximation de la conception d’amorces multiplexes

F. Nicolas.

Doctorant, Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique, LIRMM.

Groupe de travail "Algorithmes et séquences".

Sequence-structure-function relationship of proteins with repetitive sequences

A. Kajava.

Centre de Recherches en Biochimie Macromoléculaire, Montpellier.

Groupe de travail "Algorithmes et séquences".

Plus long chemin dans un graphe orienté contenant des cycles

S. Bérard.

Doctorant, Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique, LIRMM.

Groupe de travail "Algorithmes et séquences".

Un PTAS pour le problème de la séquence médiane

F. Nicolas.

Doctorant, Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique, LIRMM.

Groupe de travail "Algorithmes et séquences".

Algorithmic Aspects of Tandem Repeats Evolution

E. Rivals.

Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique, LIRMM.

Groupe de travail "Algorithmes et séquences".

NP-complétude du calcul du plus long sous-mot circulaire

F. Nicolas.

Doctorant, Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique, LIRMM.

Groupe de travail "Algorithmes et séquences".